Si la temporada 05/06 fue mala para el Málaga B, vigésimo primer clasificado de la Segunda División del fútbol español con 36 puntos gracias a sus ocho victorias, doce empates y veintidós derrotas con 42 goles a favor y 68 en contra, la 06/07 fue incluso peor, y es que el filial boquerón quedó clasificado en la última posición del Grupo IV de la Segunda División B luego de sumar apenas 14 puntos. Ganó tres partidos, empató cinco y perdió treinta, marcó 21 goles, recibió 80 y terminó descendiendo a Tercera División.
